За прошедший период на реках округа отмечались незначительные колебания уровней воды от выпадающих осадков. Достижение и превышение опасных отметок уровней воды не наблюдалось. 

Уровни воды ниже проектных отметок навигационного уровня наблюдаются на р. Обь в районе с. Барнаул, с. Фоминское, с. Усть-Чарышская Пристань (Алтайский край), г. Новосибирск, с. Дубровино, с. Кругликово (Новосибирская область), п. Победа (Томская область), р. Бия у г. Бийск (Алтайский край), с. Турочак (Республика Алтай), р. Чарыш у свх. Чарышское (Алтайский край), р. Томь в районе г. Томск (гидроствор), г. Томск, с. Козюлино (Томская область), г. Новокузнецк, г. Кемерово (Кемеровская область), р. Енисей в нижнем бьефе Красноярской ГЭС на участке г. Красноярск - с. Казачинское (Красноярский край). 

По состоянию на 21.09 средний уровень воды водохранилищ округа составляет:
- вдхр. Новосибирское 113,10 м БС;
- вдхр. Саяно-Шушенское 528,83 м БС;
- вдхр. Красноярское 232,35 м БС;
- оз. Байкал 456,86 м ТО;
- вдхр. Братское 400,87 м БС;
- вдхр. Усть-Илимское 295,89 м БС.  

На предстоящий период на реках округа прогнозируется понижение уровня воды, прерываемый незначительными подъемами от выпадающих осадков. Сохраняются уровни воды ниже проектных отметок навигационного уровня на р. Обь и ее протоках, р. Енисей в пунктах указанных выше.